Аномалии это очень интересные и очень опасные проявления Зоны. Идею таких аномалий разработчики игры взяли из книги братьев Стругацких «Пикник на обочине». По своей сути аномалии это почти незаметные, но смертельно опасные ловушки, которые могут возникнуть в любом месте Зоны. В аномалии могут попасть не только Сталкеры, но и любые существа в зоне, даже вертолет, залети он в область действия аномалии, будет уничтожен. С помощью аномалий Зона как бы проводит естественный отбор, в котором выживают самые наблюдательные и осторожные Сталкеры. Каждая ловушка всегда дает шанс наблюдательному игроку увидеть ее незначительные визуальные проявления (ненормальное колебание воздуха, рыжий туман, характерные вмятины на железных предметах и т. п.) и обойти стороной. У каждого сталкера есть несколько болтов, которые можно кинуть в подозрительную область и посмотреть произойдет ли что-нибудь необычное.

Каждую неделю над территорией Зоне происходит так называемый Выброс после которого аномалии генерируются в случайных местах. После Выброса аномалии имеют максимальную способность нанесения повреждений существам, но постепенно опасность аномалий уменьшается до следующего Выброса.

На данный момент известно описание нескольких аномалий:

Комариная плешь.

Очень мощное гравитационное поле с силами действующими одновременно в разных направлениях. Жертва попавшая в эту ловушку разрывается на части.

Обнаружить такую аномалию можно по характерным вмятинам на объектах.

Мясорубка.

Аномалия \"Мясорубка\" будет выглядеть, как в романе братьев Стругацких «Пикник на обочине», цитирую: \"... прозрачная пустота, притаившаяся в тени ковша экскаватора, схватила его, вздернула в воздух и медленно, с натугой скрутила, как хозяйки скручивают белье, выжимая воду...\". К вышесказанному можно отметить, что мясорубка постоянно будет накапливать заряд, чтобы разрядится на жертву. Если жертвы не найдется, то мясорубка теряет заряд и становится безвредной.

Ржавые волосы.

Место аномалии покрывается особыми волосками, цветом напоминающими ржавую мочалку. Касание этой мочалки вызывает сильный химический ожог.

Туман.

Местность аномалии заволакивает густой туман, но туман этот испарения не воды, а скорее серной кислоты. Попав в этот туман без специального скафандра тело разъедает в течении нескольких секунд…